Научно-исследовательская лаборатория молекулярно-генетической микробиологии


 

Заведующая лабораторией –

кандидат биологических наук

Игнатьева Светлана Михайловна,

автор 132 научных публикаций,

1 патента на изобретение,

2-х фармакопейных статей и 2-х лабораторных регламентов

на иммуноферментные тест-системы

к грибам рода Candida и Aspergillus

 

Тел.: (812) 303-51-44;

call-центр 303-50-00 (доб. 4145)

факс: (812) 510-62-77

e-mail: Svetlana.Ignatieva@spbmapo.ru

лаборатория молекулярно-генетической микологии

 

История

 

молекулярно-генетическая микологияИстория НИЛ молекулярно-генетической микологии начинается с “Лаборатории биотехнологии”, которая была организована в Отделе глубоких микозов в 1988г. Руководила лабораторией до 1998г. к.х.н. Бабенко Г.А. высококвалифицированный специалист в области биохимии микромицетов. Под ее руководством лаборатория выполняла научную работу по изучению медико-биологических  аспектов охраны окружающей среды и здоровья рабочих предприятий микробиологического синтеза (г. Кириши, г. Ангарск и др.), а также разрабатывала антигенные и аллергенные препараты из грибов для эффективной диагностики микозов и микогенной аллергии. Под руководством Г.А. Бабенко были выполнены 3 кандидатские диссертации, разработаны на основе серологических методов диагностические грибковые тест-системы: Эритроцитарный иммунодиагностикум к паприну (1988 г.), Иммуноферментные тест-системы для выявления антител к грибам рода Candida(2003 г.) и грибам рода Aspergillus (2003 г.)

 

В 1998году лаборатория биотехнологии была  преобразована в “НИЛ грибковых аллергенов и аллергодиагностики” и “НИЛ разработки и стандартизации методов диагностики микозов”; на основе последней в 2005 году была организована НИЛ молекулярно-генетической микологии с пополнением штата сотрудниками-генетиками. Руководит лабораторией к.б.н. Игнатьева С.М.

 

Научно-исследовательская работа

 

Задачей лаборатории является разработка и внедрение в клиническую практику экспресс-методов обнаружения, идентификации и типирования патогенных грибов  в биосубстратах от пациентов с подозрением на наличие у них микотической инфекции и апробация тест систем, созданных другими разработчиками.

 

Направления научно-исследовательской работы

 

Иммунологические исследования

 

 

Заведующий НИЛ, к.б.н. С. М. Игнатьева

Научный сотрудник В.А.Спиридонова

Лаборант-исследователь И.Л.Михайлова

 

 

молекулярно-генетические исследования микология

 

В настоящее время, наряду с микроскопическими и культуральными исследованиями, стандартизованными методами в мире для диагностики микозов являются иммунологические тесты для определения антигенов Aspergillusspp. и Cryptococcus.

Известно, что инвазивный аспергиллез (ИА) – тяжелое осложнение у иммунокомпрометированных больных и является не редкой причиной летальности во многих гематологических клиниках. Прогноз заболевания зависит от ранней диагностики и своевременной и эффективной терапии. Для данной группы пациентов Европейским обществом по изучению и лечению рака (2008 г.) в качестве диагностического теста рекомендован коммерческий набор “Platelia-AspergillusEIA”, основанный на измерении количества поверхностного антигена аспергиллов, галактоманнана.

Нашей лабораторией проводится иммунологический мониторинг антигена грибов рода Aspergillusу всех больных с подозрением на данную инфекцию для оценки диагностической значимости метода у различных категорий больных инвазивным аспергиллезом (ИА) в Санкт-Петербурге. В результате наших исследований  диагностической значимости теста “Platelia-Aspergillus” EIA было установлено, что чувствительность теста зависит от типа анализируемого биологического материала и различна для разных групп больных. Наибольшая чувствительность теста наблюдалась при диагностике ИА у пациентов с гематологическими фоновыми заболеваниями.

Cryptococcusneoformans– один из наиболее важных патогенных для человека микромицетов, встречающихся в клинической практике; он вызывает тяжелый менингоэнцефалит и диссеминированные инфекции преимущественно у больных СПИД и иммунодефицитами другого генеза. Лаборатория проводит иммунологический мониторинг наличия антигенов грибов рода  Cryptococcus у больных с заболеваниями легких и  центральной нервной системы в соответствии с рекомендациями Американского общества по изучению инфекционных заболеваний от 2010 г.

 

Молекулярно-генетические исследования

Работой молекулярно-биологической группы

в лаборатории руководит к.б.н. А.Г.Полищук.

А.Г.Полищук получила PhD степень в области

молекулярной онкологии в  Каролинском

Институте Стокгольма (Швеция), имеет                                           

27-летний опыт работы в области молекулярной

биологии, из них 18-летний опыт

научно-исследовательской работы в

лабораториях Европы и США.

В НИИ микологии работает с августа 2010 г.

нил молекулярно-генетической микологии

 

Состав группы на текущий момент (июль 2011 г):

  •   научный сотрудник Ю.В. Михайлова
  •   научный сотрудник Е.В. Пицик
  •   научный сотрудник Д.М.Лавникевич
  •   формирование группы продолжается

 

Задачи группы вытекают из насущных проблем мировой и отечественной медицинской микологии. Инвазивные микозы - это группа инфекционных заболеваний с очень плохим прогнозом для пациентов (смертность до 80 %) и со стремительно растущей распространенностью, особенно среди пациентов реанимационных отделений и отделений интенсивной терапии. Одной из основных причин такой высокой смертности является поздняя диагностика инвазивного микоза: во многих случаях пациенту ставится диагноз тогда, когда распространение гриба уже нанесло непоправимый ущерб жизненно важным органам. Поэтому для спасения таких пациентов необходима ранняя диагностика заболевания, которая будет возможна при наличии метода обнаружения патогена, находящегося в организме в ничтожно малых количествах. Такой сверхчувствительностью обладают методы современной молекулярной биологии, а именно методы на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР).

  • Поэтому первой задачей нашей группы является разработка мультиплексных диагностических ПЦР систем для быстрой и точной идентификации патогенныхгрибов в материале от пациентов с микозами
  • С первой задачей тесно связана и другая, не менее актуальная задача, а именно, изучение чувствительности грибов-возбудителей микозов к антимикотическим препаратам. Целью этих исследований является создания тестов, быстро выявляющих резистентные  штаммы патогенных грибов в клиническом материале. Здесь, мы планируем использовать возможности не только методов исследования ДНК (таких как ДНК-ПЦР), но и еще одной группы молекулярных методов, с помощью которых изучаются белки клеток грибов, а именно масс-спектрометрии. 
  • И, наконец, при выявлении источников микозов внутри лечебных стационаров необходимо быстрое их выявление. Это позволит своевременно проводить профилактические мероприятия, и, следовательно, снизит риск развития инвазивных микозов у больных, находящихся в стационарах. Разработка методов выявления источников госпитальных микозов и является нашей третьей основной задачей.

 

В лаборатории проводится генетическая паспортизация единственной в России коллекции патогенных грибов НИИ медицинской микологии, насчитывающей более 1400 штаммов. Мы определяем последовательности ДНК штаммов музейных культур, в соответствие с рекомендациями Американского Института Клинических и Лабораторных стандартов (CLSI, 2008) по секвенированию,  которое считается «золотым стандартом» в видовой идентификации микроорганизмов. В настоящее время выполнено секвенирование по 2-м локусам генов (ITSи D1-D2) 65 музейных штаммов грибов-возбудителей инвазивного микоза и 76 клинических изолятов от больных дерматомикозами и дерматозами, вызванными и ассоциированными с грибами рода Malassezia.

В лаборатории осуществляется оценка диагностической эффективности тест-систем для обнаружения и идентификации патогенных грибов. Так в лаборатории была проведена оценка диагностической эффективности отечественной сертифицированной тест-системы “ТрифАм”  (ООО НПФ “Гентех”, Москва) для выявления дерматомицетов Trichophytonrubrum  и Trichophytoninterdigitale в ногтевых и кожных чешуйках больных онихомикозами. Диагностическую эффективность оценивали на патологическом материале от больных дерматомикозами, у которых в ногтевых и кожных чешуйках  была обнаружена культура гриба Trichophytonrubrumи больных без дерматомикозов. Параметры эффективности теста оказались следующими: чувствительность метода ПЦР, по сравнению с микроскопическим исследованием и посевом, 69%, специфичность 95%, прогностическая ценность положительного результата 95% и отрицательного 70%. Таким образом, несмотря на то, что прогностическая ценность положительного результата теста высока, его низкая чувствительность не позволяет нам рекомендовать использовать этот ПЦР-тест как самостоятельный в диагностических целях, а только в комплексе с микологическими и культуральными исследованиями патологического материала

НИЛ молекулярно-генетической микологии оснащена новейшим современным оборудованием для молекулярных исследований, в том числе генетическим анализатором Applied Biosystems 3500 (США), различными амплификаторами, в том числе термоциклером для ПЦР в режиме реального времени  RotorGene 6000 (СorbetReseach, Австралия). А в скором времени в лаборатории появится оборудование для масс-спектрометрических исследований.

Сотрудники НИЛ работают в тесном контакте с врачами-микологами отделений микологической клиники и сотрудниками кафедры клинической микологии, аллергологии и иммунологии СПб МАПО, а также врачами клиник Санкт-Петербурга, в которых госпитализированы пациенты с риском возникновения грибковых осложнений (ЛОКБ, СПб ГМУ, Городская клиническая больница N31, Детская городская больница N1 и др.).

Сотрудники НИЛ активно участвует в работе Всероссийских научно-практических конференций и форумов, а также Международных конгрессов. В настоящее время  сотрудник  лаборатории Д.Т. Маркозашвили выполняет кандидатскую диссертацию в рамках русско-французского  проекта (аспирантура с Университетом Париж-Суд).

 

Учебная работа

Научные сотрудники НИЛ принимают участие в педагогическом процессе на кафедре микробиологии и микологии; результаты своей научной деятельности они представляют в лекциях и практических семинарах по вопросам иммунологической диагностики микозов и перспективах развития молекулярных методов в медицинской микологии.

 

Публикации

1.  Колбин А.С, Боченко Э.Г., Игнатьева С.М., Климко Н.Н. Опыт комбинированного лечения инвазивного аспергиллеза легких и пазух носа у ребенка с острым лейкозом.  Успехи медицинской микологии. –  2007.- Т. IX. - С. 177-179.

2.  Богданов К.В., Игнатьева С.М. Хроматин-ремоделирующий фактор FACT и его роль в регуляции клеточного роста Aspergillus fumigatus. //Проблемы медицинской микологии. – 2008. - т. 10, № 3, стр. 3-8.

3.  Хостелиди С.Н., Борзова Ю.В., Десятик Е.А., Игнатьева С.М., Зубаревская Н.И., Колбин А.С., Зюзгин И.С., Бойченко Э.Г., Богомолова Т.С., Васильева Н.В.,

     Климко Н.Н. “Аспергиллез головного мозга: описание четырех клинических случаев”. Проблемы медицинской микологии -2009. - т.11, №3, , стр.16-19.

4.  Борзова Ю.В., Десятик Е.А., Хостелиди С.Н., Попова М.О., Чернопятова Р.М., Богомолова Т.С., Игнатьева С.М., Шурпицкая О.А., Колбин А.С., Зюзгин И.С., Зубаревская Н.И., Климович А.В., Васильева Н.В., Климко Н.Н. ”Хронический инвазивный аспергиллез легких у больных в Санкт-Петербурге”. Проблемымедицинскоймикологии-2009. - т.11, №3, , стр.20 - 25.

5.  D.Marcozachvili, N.A.Smolina, S.M. Ignatieva “RAPD analisis efficiency of the medically important fungi in epidemiological stadies”//Abstract in: Mycoses.-2009.-Vol.52, Suppl.1.-p.90.

6.  Ignatieva S.M. ”Significance of allele state determination of locus in Candida albicans”// Abstract in: Mycoses.-2009.-Vol.52, Suppl.1.-p.92.

7.  Игнатьева С.М., Маркозашвили Д.Т., Богданов К.В., Пицик Е.В., Спиридонова В.А.Выявление внутривидовых различий микромицетов методом RAPD-анализа// Сборник трудов. VII Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Молекулярная диагностика – 2010».- 2010.- Стр.409-410.

8.  E. Desyatik, S. Khostelidi, M. Popova, R. Chernopjatova, T. Bogomolova, S. Ignatieva, O.Shchurpitskaja, A.Kolbin, I.Ziuzgin, N.Subarovskaja, N. Vasilyeva, N.Klimko, Y.Borzova. ThepatientswithinvasivepulmonaryaspergillosisinSaint-Petersburg. //4thadvancesagainstaspergillosis, 2010, Rome, Italy. Abstract. - p.162.

9.  E. Desyatik,Y. Borzova, S. Khostelidi, M. Popova, R. Chernopjatova, IgnatievaS.M., ZubarovskajaN.I., KlimkoN.N.  Invasive pulmonary aspergillosis and pneunocystis jirovici pneumonia in recipient of bone marrow transplantation// 4th advances against aspergillosis, 2010, Rome, Italy. Abstract.- p.163.

10.Borsova Y.V., Khostelidi S.N., Popova M.O., Chernopjatova R.M., Bogomolova T.S., Ignatyeva S.M., Shchurpitskaja O.A., Kolbin A.S., Zjuzgin I.S., Zubarovskaja N.I., Vasilyeva, N.V., Klimko N.N. Characteristics of patients with chronic pulmonary aspergillosis in St.Petersburg//Clinical Microbiology and Infection, Abstract, on-line library  P2129, 2011.

 

Диагностическая работа

 

Кроме научных исследований, в лаборатории выполняются диагностические работы.

  Состав группы:

  Заведующий НИЛ, к.б.н. С.М. Игнатьева

  Научный сотрудник В.А. Спиридонова

  Инженер Н.В. Казачищева

  Инженер Е.З. Рабинович

  Лаборант-исследователь И.Л. Михайлова

 

Эксклюзивной является диагностика аспергиллеза, криптококкоза и пневмоцистоза:

  • Определение в крови и бронхоальвеолярном лаваже (БАЛ) больных антигена Aspergillusspp. (определение галактоманнана с тест-системой “PlateliaAspergillusEIA”)

Тест является единственным серологическим методом, рекомендованным Европейской организацией по изучению и лечению рака для постановки диагноза инвазивного аспергиллеза у иммунокомпрометированных больных. К этой категории пациентов относятся гематологические больные, получающие иммуносупрессивную терапию и реципиенты трансплантатов гемопоэтических кроветворных клеток, у которых необходимо проводить серологический мониторинг наличия галактоманнана Aspergillussppдля предотвращения возможных аспергиллезных осложнений и контроля  эффективности антимикотического лечения.

  • Определение в крови, БАЛ и спинномозговой жидкости (СМЖ) больных

Антигена Cryptococcus  с тест-системой “PastorexCryptoPlus”

Тест используется при дифференциальной диагностике инфекций центральной нервной системы и патологии легких, вызванных бактериями или грибами. Тест особенно важен, когда не удается обнаружить возбудителя криптококкоза  культуральными методами, а положительный результат теста при исследовании СМЖ больных дает основание для постановки диагноза криптококкового менингоэнцефалита.

  • Определение в БАЛ и мокроте больных антигена Pneumocystisjirovecii  (MonofluoTMkitP. jirovecii)

Тест на выявление P.jiroveciiс помощью MonofluoTMkit является дополнительным при неоднозначной интерпретации цитологических результатов при диагностике пневмоцистоза.

 

Лаборатория также оказывает диагностические услуги медицинским учреждениям города, страховым компаниям и населению по ПЦР и серологической диагностике следующих инфекций:

  • Инфекций, передающихся половым путем

Папилломы (Humanpapillomavirus) неонкогенных типов (6, 11) и онкогенных (16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 42, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 56, 58, 59 (с генотипированием)

 

Микоплазмы и уреаплазмы (Mycoplasmae& Ureaplasmae)

Хламидия (Chlamidiatrachomatis, Chlamidiapneumoniae) 

Герпес (Herpesvirus  типов I-VIII)

Трихомонады (Trichomonasvaginalis)

ВИЧ (humanimmunodeficiency)

Сифилис(Syphilis)

  • Гепатиты

Качественное определение - А, В, С, D и G

Количественное определениеи – В, С

Генотипирование - С

  • Инфекции желудочно-кишечного тракта

Helicobacter pylori

Yersinia enterocolitica

Borrelia spp.

Giardia lamblia

Entamoeba histolytica

Listeria monocytogenes

Shigella spp.

Salmonella spp.

Campylobacter jejuni

Cryptosporidium parvum

Clostridium difficile

RotaviriA, B, C

 

  • Гельминтозы

Описторхи(Opisthorchis)

Эхинококки(Echinococci)

Трихинеллы(Trichinellae)

Токсокары(Toxacarae)

 

Сотрудники имеют сертификаты по клинической лабораторной диагностике и используют в работе только сертифицированные диагностические тест-системы. С прейскурантом услуг можно ознакомиться в разделе Клиническая работа.

 

Дополнительная информация

 

Лаборатория приглашает студентов и молодых специалистов для выполнения дипломных и аспирантских работ на современном молекулярно-генетическом оборудовании!

Также лаборатория выполняет на договорной основе молекулярно-генетические исследования и предлагает научное сотрудничество с различными учреждениями РФ.

 

Контакты

 

тел.: (812) 303-51-44; call-центр 303-50-00 (доб. 4145)

факс: (812) 510-62-77

e-mail: Svetlana.Ignatieva@spbmapo.ru

Фактический и почтовый адрес: 194291, Санкт-Петербург, ул. Сантьяго-де-Куба, д. 1/28, НИИ медицинской микологии им. П.Н. Кашкина ГБОУ ВПО "Северо ‑ Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова".